O voto de protesto contra o sistema político aumentou nestas eleições municipais. No primeiro turno, de 144 milhões aptos a votar, 41,6 milhões se abstiveram ou anularam ou votaram em branco. Isso representa 28,87%. Um terço do eleitorado brasileiro optou por não votar nos candidatos e partidos que disputaram o pleito.

No primeiro turno, o destaque foi o prefeito eleito de São Paulo, João Dória, cuja votação foi inferior ao não voto. No segundo turno, nos municípios com mais de 200 mil eleitores, onde a eleição fica polarizada entre dois candidatos, a expectativa era, no mínimo, de manter a média anterior. Mas não foi o que aconteceu.

Abaixo, o rancking percentual das abstenções e dos votos nulo e branco de alguns municípios onde tiveram 2º turno: