A terceira fase da campanha acontece 11 de abril à 06 de junho dividido em duas etapas. Pessoas com deficiência, professores da rede pública e privada, crianças de 6 meses a menores de 6 anos, gestantes, puérperas (até 45 dias), e pessoas de 55 anos a 59 anos de idade serão o público alvo desta terceira fase da vacinação contra influenza, vacina que protege dos vírus causadores de gripes como influenza A(H1N1), A(H3N2) e Influenza B. Para evitar aglomerações, o público alvo será dividido em dois grupos nesta etapa da vacinação, sendo:

de 11/05 à 17/05 exclusivo para crianças de 6 meses a menores de 6 anos, pessoas com deficiência, gestantes e puérperas (mulher em período pós-parto) até 45 dias.

de 18/05 à 06/06 exclusivo para pessoas de 55 anos a 59 anos de idade e professores da rede pública e privada.